A Universidade de Franca está com chamadas abertas para interessados em ingressar em seus programas de mestrado e doutorado em diversas áreas. O mestrado em Ciências tem a duração de 24 meses, enquanto o doutorado na mesma área tem a duração de 48 meses, sendo voltado para profissionais como químicos, engenheiros químicos, farmacêuticos, biólogos, biomédicos e graduados em cursos superiores com aprovação em pelo menos uma disciplina de química.
Além disso, a universidade oferece o mestrado em Promoção de Saúde para assistentes sociais, biólogos, biomédicos, cirurgiões-dentistas, educadores físicos, enfermeiros, farmacêuticos, fisioterapeutas, fonoaudiólogos, médicos, médicos veterinários, nutricionistas, psicólogos, terapeutas ocupacionais e outros profissionais interessados em abordagens multidisciplinares em saúde, incluindo engenheiros, arquitetos e advogados.
Os programas de mestrado e doutorado em Linguística têm como foco as teorias do texto e do discurso, enquanto o mestrado em Ciência Animal é voltado para profissionais das áreas de ciências agrárias, biológicas e da saúde.
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